这个问题困扰我多年。

拿WordPress举例：

从下面两图可见文件大小不一致，但是Beyond Compare可以比较出内容一致，从而将比较结果显示为“相同”（=）

diff-size-same-content-01

diff-size-same-content-02

但是内容不一致的文件会被比较出来，如readme.html文件，下图反映了这一情况。

diff-size-same-content-03

需要做的设置如下：将文件夹的比较设置中，“比较”选项卡中的“需要打开的文件”设置为“基于规则的比较”

diff-size-same-content-04

diff-size-same-content-05

如果将“文本比较”中“重要”选项卡中的“比较行尾（PC/Mac/Unix）”选中的话…

diff-size-same-content-06

diff-size-same-content-07

行尾不同也会被认为是不同的文件（默认“基于规则的比较”是会忽略这种不同的）。

diff-size-same-content-08